Untuk mendukung seluruh kegiatan BBPBAP Jepara, dilengkapi dengan berbagai sarana dan prasarana. Sarana dan prasarana yang dimiliki sampai dengan tahun 2008 meliputi

Hatchery
Dalam melaksanakan kegiatan perbenihan (ikan dan udang) yang meliputi kegiatan pemeliharaan induk dan larva, penyediaan pakan (hidup dan buatan) serta kesehatan ikan dan lingkungan, tersedia sarana bak dan hatchery Indoor maupun outdoor sbb:

Outdoor Hatchery udang

• Bak pengendapan air laut : 2  Unit
• Bak sand filter air laut : 2  Unit
• Bak stirilisasi air laut : 2  Unit
• Bak tower air laut : 1  Unit
• Bak tandon air laut : 2  Unit
• Bak tandon air tawar : 2  Unit
• Bak mini hatchery : 6  Unit
• Bak larva udang : 6  Unit
• Bak artemia dewasa : 10 Unit
• Bak bulat induk udang : 3  Unit
• Bak kotak induk udang : 9  Unit
• Bak kecil pemijahan induk udang : 5  Unit
• Bak Besar Pemijahan Induk Udang : 2  Unit

Indoor NSBC

• Bak famili (larva udang) : 10 Unit
• Bak besar induk udang : 4  Unit
• Bak kecil induk udang : 9  Unit    
• Bak tower air laut : 2  Unit
• Bak penampungan kotak : 4  Unit
• Bak penampungan bulat : 1  Unit
• Bak bulat induk kerapu : 3  Unit

Pembenihan ZEE

• Bak induk udang : 5 Unit
• Bak induk kerapu/kakap : 14 Unit
• Bak plankton indoor : 8 Unit
• Bak kepiting rajungan : 6 Unit
• Bak larva ikan : 2 Unit
• Bak plankton outdoor : 7 Unit
• Bak induk kerapu : 4 Unit
• Bak induk abalon : 1 Unit
• Bak larva abalon : 1 Unit
• Bak pembenihan ikan/kepiting : 12 Unit
• Bak tower :     1 Unit
• Bak penampungan bulat : 6 Unit
• Bak induk ikan : 6 Unit
• Bak penampungan kotak : 4 Unit
• Sand filter : 2 Unit
• Bak limbah : 2 Unit

Laboratorium pakan buatan : 1 Unit

Sarana penunjang lab basah

• Bak fiber kotak kecil : 48 Buah
• Bak fiber bulat : 36 Buah
• Bak penampungan pakan buatan : 1 Unit
• Bak beton luar pakan buatan : 5 Unit
• Bak beton dalam pakan buatan : 2 Unit

Laboratorium pakan alami

• Bak bulat kecil : 5 Buah
• Bak bulat sedang : 3 Buah
• Bak bulat besar : 13 Buah
• Bak kotak: 5 Buah
• Akuarium: 6 Buah

Laboratorium hama dan penyakit

• Bak bulat sedang : 5 Buah
• Bak fiber oval : 2 Buah
• Akuarium kecil : 14 Buah
• Akuarium sedang : 62 Buah
• Akuarium besar : 13 Buah

Laboratorium fisika kimia lingkungan

• Bak fiber kotak besar : 3 Buah
• Bak fiber kotak kecil : 20 Buah
• Bak beton luar pakan buatan : 2 Unit

Tambak
Kegiatan penerapan teknologi budidaya/pembesaran ikan, udang dan komoditas lain tersedia petakan tambak dengan rincian : tandon (8,18 Ha), tambak produksi (25,14 Ha), saluran (1,64 Ha),  jalan (5,55 Ha),  pematang/talud (9,49 Ha) dan tambak non produktif (9,82 Ha), sedangkan sarana penunjang operasional tambak berupa pompa air (33 unit ) kincir ganda (46 unit), kincir ganda (36 unit), pompa diesel (20 unit ).

Laboratorium

• Beberapa unit laboratorium telah dioperasionalkan guna menunjang pencapaian produksi dan penerapan teknik budidaya berwawasan lingkungan.  Laboratorium tersebut meliputi:
• Laboratorium pakan : 2 unit
• Laboratorium kesehatan ikan dan lingkungan : 2 unit

Jaringan Listrik
Listrik adalah merupakan sarana vital dan merupakan salah satu pendukung utama kegiatan balai secara umum.  Listrik diperlukan secara terus menerus selama 24 jam.  Pembangkit tenaga listrik yang digunakan berasal dari jaringan PLN dengan daya terpasang sebesar 147 KVA dan 197 KVA dengan panjang jaringan 5000 m, 6 buah Genset masing-masing dengan daya 150 KVA (2 buah), 80 KVA (1 buah/rusak ringan), 250 KVA (1 buah), 125 KVA (1 buah) yang digunakan untuk menanggulangi sewaktu-waktu aliran listrik PLN mengalami gangguan/padam.

Jaringan Air Tawar dan Air Laut
Air tawar dan air laut merupakan kebutuhan utama dalam kegiatan perbenihan dan pembesaran.  BBPBAP Jepara memiliki jaringan air tawar dalam komplek perbenihan, perkantoran dan rumah tangga sepanjang 1.000 m dengan tandon air dan pompa.  Jaringan air laut digunakan untuk mensuplai kebutuhan di perbenihan serta laboratorium sepanjang 2.500 m yang dilengkapi dengan tandon, tower serta jaringan aerasi.

Sarana Transportasi
Guna mendukung kelancaran tugas dan kegiatan balai, BBPBAP Jepara dilengkapi dengan sarana transportasi berupa : 4 unit kendaraan roda 2; 2 unit kendaraan roda 3; 9 unit kendaraan roda 4 dan 4 unit kendaraan roda 6 dengan rincian sebagaimana tercantum dalam Tabel 1.

Daftar Alat Transportasi

Keterangan : *) kondisi rusak

Bangunan dan sarana lain
Bangunan yang dimiliki BBPBAP Jepara adalah berupa gedung perkantor an, laboratorium, bangsal perbenihan, ruang kuliah, auditorium, garasi, asrama, guest house, rumah dinas dan  Pos SATPAM.

Gedung perkantoran meliputi : gedung utama (2 lantai) yang digunakan untuk perpustakaan, ruang rapat, ruang para pejabat struktural beserta staf, serta 5 buah bangunan gedung lainnya digunakan untuk para pejabat Struktural, Fungsi onal Perekayasa, Pengawas dan Litkayasa.

Selain sarana tersebut, maka BBPBAP Jepara memiliki sarana berupa jalan aspal yang menghubungkan masing-masing perkantoran dan perumahan ser ta komplek pertambakan.  Sarana lain berupa lapangan tenis, lapangan bola voli yang digunakan kegiatan olah raga karyawan dan gedung Waserda KPRI “Budidaya Mina” yang menyediakan barang-barang kebutuhan rumah tangga kar yawan serta Masjid sebagai sarana ibadah.