Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan RI, Nomor: KEP.26 C/MEN/2001 tanggal 1 Mei 2001 tentang Organisasi dan Tata Kerja Bali Besar Pengembangan Budidaya Air Payau (BBPBAP) Jepara yang merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya, berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya. Sesuai dengan SK Menteri Kelautan dan Perikanan tersebut di dalam struktur organisasi terdapat kelompok jabatan fungsional yang mempunyai tugas melaksanakan kegiatan perekayasaan, pengujin, penerapan, dan bimbingan penerapan standar teknik, alat, dan mesin, serta sertifikasi perbenihan dan pembudidayaan, pengendalian hama dan penyakit ikan, pengawasan benih dan budidaya, penyuluh, dan kegitan lain yang sesuai dengan tugas masing-masing jabatan fungsional berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Struktur Organisasi Balai Besar Pengembangan Budiaya Air Payau (BBPBAP) Jepara, meliputi :

1. Bidang Pelayanan Teknik (Yahya, SH)
a. Seksi Sarana Laboratorium (Yulianto, ST.)
b. Seksi Sarana Lapangan (Robert Martianus Manik, SH.)

2. Bidang Standardisasi dan Informasi (Drs. Tri Prasetyo Priyoutomo)
a. Seksi Standardisasi (V. Ap. Sapto Adi, SP)
b. Seksi Informasi (Agus Setiadi, SH)

3. Bagian Tata Usaha (Ir. Wiwik Malistiyani)
a. Sub Bagian Umum (Ir. Hasan Rosyadi)
b. Sub Bagian Keuangan (M. Arifin)

4. Kelompok Jabatan Fungsional
a. Perekayasa
b. Litkayasa
c. Pengawas Benih
d. Pengawas Budidaya
e. Pengawas Hama Penyakit Ikan
f. Pranata Humas  
g.Pranata Komputer

Program Udang Windu
Kepala Program : Ir. A. Fairus May Soni, M.Sc

Program Udang Vanamei
Kepala Program : Ir. M. Soleh, M.Si.

Program Bandeng
Kepala Program : Ir. Suhartono

Program Kerapu
Kepala Progam : Ir. Zaenal Arifin, M.Sc

Program Nila Salin
Kepala Program : Ir. Maskur Mardjono

Program Diseminasi Teknologi
Kepala Program : ir. Darmawan Adiwijaya

Kegiatan Pakan Buatan
Koord : Erik Sutikno, SP

Kegiatan Pakan Hidup
Koord : Dra. Antik Erlina, M.Si

Kegiatan Laboratorium Kesehatan Ikan dan Lingkungan
Koord : Ir. Zaenal Arifin, M.Sc

Secara lengkap Struktur Organisasi Balai Besar Pengembangan Budidaya Air Payau Jepara, tersaji pada bagan dibawah ini :

STRUKTUR ORGANISASI

BALAI BESAR PENGEMBANGAN BUDIDAYA AIR PAYAU

(Kep. Men. Kelautan dan Perikanan No. 26c/MEN/2001)